حجت الاسلام محسن کدیور با ارسال نامه ای به آیت الله العظمی منتظری، نظر آن مرجع تقلید شیعیان را درباره سلاح های هسته ای، جویا شد.
متن نامه کدیور و پاسخ آیت الله منتظری بدین شرح است:

‏محضر مبارک فقيه متأله، شيخنا الاستاد آيت الله العظمی منتظری دام ظله
‏ ‏سلام عليکم
‏ ‏سلامتی و توفيق روزافزون شما را از درگاه خدای بزرگ مسئلت دارم .‏ ‏مجاهدت های دلسوزانه شما در يافتن راه حلی خردمندانه برای برون رفت‏ ‏از تنگناهای موجود کشور بارقه اميدی در اين ظلمتکده است .
‏ ‏بحرانی که با سوء تدبير، ندانم کاری ، جهل مرکب ، استبداد برای زير پا‏ ‏گذاشتن بسياری از موازين دينی و اخلاقی و تجاوز به حقوق قانونی‏ ‏شهروندان آغاز شده است ، آتشی است که به خرمن مصالح ملی ايران افتاده‏ ‏و دم به دم بر ابعاد و عمق آن افزوده می‎شود و حل آن را دشوارتر می‎سازد.‏ ‏بيم آن می‎رود که تن ندادن به مطالبات برحق اکثريت شهروندان و لجاجت بر‏ ‏سرکوب صدای اعتراض ملی ، پس از تاراج آزادی و حراج اسلاميت ، به بر‏ ‏باد دادن استقلال ايران منجر شود.
‏غرض از تصديع ، همانگونه که مستحضريد يکی از موارد چالش برانگيز‏ ‏سياست خارجی جمهوری اسلامی با غرب مسئله "انرژی هسته ای " بوده‏ ‏است . محل نزاع ، استفاده نظامی و تسليحاتی از اين انرژی است . نگفته‏ ‏پيداست که دغدغه اروپا و آمريکا بيش از آن که رعايت دموکراسی و حقوق‏ ‏بشر در ايران يا خاورميانه باشد، حفظ امنيت اسرائيل در منطقه و منافع مادی‏ ‏خودشان است . حاکمان ايران هم دفاع از حقوق مردم فلسطين را ابزاری‏ ‏برای سرپوش گذاشتن بر ظلم و استبداد داخلی کرده اند.
‏راه جنبش اعتراضی سبز مردم ايران در اين ميانه بسيار ظريف ، دشوار و‏ ‏حساس است . از يک سو به دولت مردان و حاکمان جمهوری اسلامی به‏ ‏دليل تجاوز نهادينه به حقوق شهروندان ايرانی معترض است ، از سوی ديگر‏ ‏سياست خارجی در پيش گرفته شده را در راستای منافع ملی ايران ارزيابی‏ ‏نمی کند. اگر چه جنبش سبز همدرد با آرمان رهايی بخش مردم مظلوم‏ ‏فلسطين است و استقلال ، اعتلای علمی و ارتقای فن آوری ايران را آرزوی‏ ‏برحق هر ايرانی می‎داند.
‏ ‏برخورد مزورانه و به دور از صداقت تصميم سازان و تصميم گيران نظام‏ ‏جمهوری اسلامی با شهروندان ايرانی و تبديل شدن شعار "دروغ ممنوع " به‏ ‏شعار ملی معترضان در وقايع پس از انتخابات باعث شده است که‏ ‏بی اعتمادی به گفته های رهبران ايران به بی سابقه ترين سطح بی اعتمادی‏ ‏بين المللی افزايش يابد. نظامی که به اين راحتی به شهروندان خود دروغ‏ ‏می‎گويد به چه دليل در مناسبات بين المللی قابل اعتماد است ؟اگر رژيمی به‏ ‏سادگی همه ميثاق های ملی خود در رعايت حقوق پايه شهروندانش را زير پا‏ ‏گذاشته است ، چگونه می‎توان باور کرد تعهدات و ميثاق های بين المللی را‏ ‏رعايت می‎کند؟
‏اين بی اعتمادی فزاينده وقتی با ماجراجويی های فرماندهان نظامی ايران در‏ ‏کشورهای همسايه و سخنان نسنجيده رئيس جمهور انتصابی در مجامع‏ ‏بين المللی ضميمه می‎شود، مخاطراتی جدی را برای مردم ايران رقم‏ ‏می‎زند. حضرتعالی برای نخستين بار پيام به مراجع عظام تقليد، علماء و‏ ‏حوزه های علميه مورخ ۲۲ شهريور ۸۸ خود از "ولايت نظامی " بر ايران خبر‏ ‏داديد. نظاميان هرگز سياستمداران خوبی نبوده اند و می‎پندارند همه چيز با‏ ‏زور قابل حل شدن است . سيطره بلامنازع نظاميان پاسدار در ارکان نظام‏ ‏جمهوری اسلامی غيرقابل انکار است . تا آنجا که به وضوح می‎توان از‏ ‏استقرار حکومت شبه نظامی از آغاز سال جديد شمسی در ايران خبر داد.
‏نهادهای نظارتی و تصميم ساز از قبيل مجلس شورای اسلامی و مجلس‏ ‏خبرگان رهبری همگی به مجالسی فرمايشی و تشريفاتی و به غايت ضعيف‏ ‏و منفعل تبديل شده اند. بدنه کارشناسی قوه مجريه ضعيف ترين بدنه ‏ ‏کارشناسی در تاريخ ايران از زمان استقرار مشروطه است . رهبر جمهوری‏ ‏اسلامی با برخورداری از اختيارات قانونی بی شمار با استبداد به رأی و سوء‏ ‏تدبير فزاينده خود به شدت از مصالح ملی ايران فاصله گرفته است و با‏ ‏ميدان دادن گسترده به نظاميان و شبه نظاميان در ارکان نظام که در آغاز برای‏ ‏برخورد با معترضان داخلی صورت گرفت اکنون مشخص نيست خود به چه‏ ‏ميزان در ناخدايی اين کشتی در بحران های فزاينده پيش رو واقعا نقش‏ ‏دارد.
‏اکنون افکار عمومی در جهان درباره توانايی توليد سلاحهای کشتار جمعی‏ ‏اين "زنگی مست " پرسش جدی دارد و پاسخ های مقامات عالی رتبه ايرانی‏ ‏را که حتی در کشور خودشان مشتهر به دروغ گويی اند را باور نمی کند.‏ ‏ترديدی هم نداريم که رژيم نژادپرست اسرائيل و حاميان اروپايی و‏ ‏آمريکايی آن بالفعل از چنين اسلحه ای برخوردارند و واعظان غير متعظی در‏ ‏عرصه بين المللی بيش نيستند.
‏ ‏حضرتعالی با توجه به پشتوانه دانش ، تقوا، سابقه ، محبوبيت و انصافی که در‏ ‏مبارزات نيم قرنه خود با استبداد قبل و بعد از انقلاب کسب کرده ايد، به‏ ‏عنوان رهبر معنوی معترضان پرشمار ايرانی در جهان شناخته شده ايد.‏ ‏نامه های متعدد رهبران سياسی جنبش سبز به شما و پاسخ های راه گشای‏ ‏شما (از قبيل پاسخ نامه های ۶ مرداد، ۴ و ۳۱ شهريور ۸۸) شاهدی بر اين‏ ‏مدعاست . اجازه می‎خواهم پرسش های دشواری که در ذهن و ضمير‏ ‏بسياری از ايرانيان بلکه بسياری از معاصران اعم از مسلمان و غير مسلمان‏ ‏مطرح است ، صريحا با شما در ميان بگذارم . بی شک حضرتعالی در‏ ‏مناسبت های گذشته جسته و گريخته به برخی از ابعاد اين مسأله اشاره‏ ‏فرموده ايد; اما اهميت وافر مسأله مرا بر آن داشت که بار ديگر به شکل‏ ‏متمرکز اين پرسشها را در شرايط خطير فعلی مطرح کنم . پاسخ های مستدل ،‏ ‏مشروح و در عين حال روشن و شفاف شما در معرفی چهره رحمانی و‏ ‏صلح طلب اسلام مظلوم و بالاخص مذهب اهل بيت نقش بسزايی دارد.‏ ‏هرگونه که صلاح می‎دانيد ارشاد فرماييد. والامر اليکم .
‏سوال بين المللی به اجمال اين است : معترضان سبز ايرانی درباره استفاده ‏ ‏تسليحاتی از انرژی هسته ای چگونه می‎انديشند؟ و چه تفاوتی با رهبران‏ ‏جنگ طلب و ماجراجوی جمهوری اسلامی دارند؟ اين پرسش کلی را‏ ‏می‎توان به سه پرسش مشخص ذيل تجزيه کرد.
‏پرسش اول : سرمايه گذاری ، توليد، نگهداری و به کارگيری انرژی هسته ای در‏ ‏فناوری تسليحاتی و به شکل مشخص سلاح های کشتار جمعی چه حکمی‏ ‏دارد؟ با احتمال وقوعی استفاده نابجا از اين اسلحه خطرناک از سوی‏ ‏ماجراجويان بی خرد - که شمارشان در هر سرزمينی در ميان نظاميان و‏ ‏سياستمداران کم نيست - اين پرسش جدی تر است .

‏ ‏پرسش دوم : آيا اصولا امکان استفاده عقلايی و مشروع از چنين اسلحه ای‏ ‏متصور است ؟ مثلا به عنوان اولا بازداشتن طرف مقابل ، ثانيا تهديد به‏ ‏استفاده متقابل که البته نتيجه آن کشتار انسان های بی گناه فراوانی است ، ثالثا‏ ‏برای گريختن از ضرر بزرگتر در انتخاب بين دو مفسده و پذيرفتن اقل‏ ‏الضررين (به عنوان مثال آمريکايی ها در استفاده بمب اتم در هيروشيما و‏ ‏ناکازاکی ادعا می‎کنند که برای پيشگيری از ضرر بزرگتری به نام گسترش و‏ ‏ادامه جنگ خانمانسوز بزرگتری توجيه کرد؟ آيا در اسلام بالاتر از حفظ جان‏ ‏هزاران انسان بی گناه چيزی متصور است ؟ آيا می‎توان گفت اسلحه کشتار‏ ‏جمعی فی حد ذاته حرام و غير مشروعند و از طرق غيرمشروع نمی توان به‏ ‏هيچ هدف متعالی و مشروعی رسيد؟

‏ ‏پرسش سوم : آيا می‎توان گزاره های زير را با قاطعيت به جهانيان اعلام کرد‏ ‏که :
‏ ‏۱ - استفاده تسليحاتی از فناوری هسته ای و سلاحهای کشتار جمعی مطلقا‏ ‏و بدون هيچ استثنايی خلاف موازين انسانيت ، اخلاق و اسلام است .
‏ ‏۲ - سرمايه گذاری ، توليد، نگهداری و به کارگيری تسليحات کشتار جمعی و‏ ‏فناوری هسته ای در عرصه نظامی در هيچ شرايطی پذيرفته نيست .
‏ ‏۳ - دارندگان سلاح های خطرناک کشتار جمعی (از قبيل بمب اتم و‏ ‏موشک های با کلاهک هسته ای و مشابه آن ) بالاخص دولت جنگ طلب‏ ‏اسرائيل "تهديد بالفعل " برای بشريت محسوب می‎شوند و می‎بايد در‏ ‏نابودی اين تسليحات مرگبار پيشقدم شوند.
‏ ‏۴ - ما به دنبال خاورميانه بلکه جهانی عاری از سلاح هسته ای و اسلحه کشتار‏ ‏جمعی هستيم .

‏ ‏عزت عالی مستدام باد.

بر اساس این گزارش، ‏پاسخ آيت الله العظمی منتظری بدین شرح است:
‏باسمه تعالی ‏

‏جناب مستطاب حجة الاسلام والمسلمين آقای دکتر محسن کديور دامت‏ ‏برکاته
‏ ‏پس از سلام و تحيت ;
‏ايميل جنابعالی در مورد سوال از حکم شرعی ساخت و نگهداری و به‏ ‏کارگيری سلاح های کشتار جمعی واصل و ملاحظه شد. لازم است‏ ‏سرمايه گذاری ، توليد، نگهداری و به کارگيری انرژی هسته ای در فناوری‏ ‏تسليحاتی و ساخت سلاح های کشتار جمعی از ناحيه همه کشورها ممنوع‏ ‏باشد و بشريت رفته رفته به اين سمت و سو رود که نه تنها اين گونه سلاح ها،‏ ‏بلکه حتی ديگر سلاح هايی را که برای کشتن افراد به کار می‎رود، در همه ‏ ‏جهان ممنوع نمايد.

‏ ‏و در فرضی که عملا هيچ کشوری از چنان سلاح هايی بهره مند نباشد، اگر‏ ‏کشوری خاص در جهت سرمايه گذاری ، توليد، نگهداری و به کارگيری انرژی‏ ‏هسته ای در فناوری تسليحاتی و ساخت سلاح های کشتار جمعی گام‏ ‏بردارد، نه تنها مرتکب اسراف در ذخائر ملی خود شده بلکه موجب تهديد‏ ‏برای کشورهای ديگر و در نتيجه بی اعتمادی آنها گرديده و بسا موجب‏ ‏تيرگی روابط شود; و از اين جهت نيز آسيب های ديگری را به کشور خود و‏ ‏نسل های آينده وارد نمايد. و در اين فرض عقلا و شرعا بايد خود‏ ‏سردمداران آن کشور از هرگونه اقدام در جهت آن سلاح ها پرهيز کنند; و اگر‏ ‏نکردند، مردم از حاکمان خود بخواهند که از آن پرهيز کنند، و در صورت‏ ‏تخلف ، ديگر کشورها از آنان به هر شکل ممکن ممانعت نمايند.

‏ ‏به کارگيری اين گونه سلاح ها اگر تنها در برابر نظاميان متجاوز نباشد و مردم‏ ‏بی گناه - هرچند از نسل های آتی - را قربانی نمايد، عقلا و شرعا جايز‏ ‏نيست . و با توجه به وسعت دامنه کشتار و تخريب سلاح های هسته ای ،‏ ‏مصداق اهم و مهم بودن در مورد سوال روشن نيست .

‏ ‏و در هر حال بايد بشريت به ويژه مسلمانان که پيرو شريعت خاتم و پيامبر‏ ‏رحمة للعالمين هستند، در راه ممنوعيت قانونی و اجرايی چنين سلاح هايی‏ ‏برای هر کشوری با تضمين سازمانهای معتبر و معتمد بين المللی پيشگام‏ ‏گردند.

‏ ‏ان شاء الله موفق باشيد.